Wagonika ze skrzynią używa się jak zwykłej małej skrzyni. Po kliknięciu PPM otwiera się ekwipunek. Do tego rodzaju wagonika nie da się wsiąść. Wagonik ze skrzynią na torach porusza się z jednakową prędkością jak zwykły wagonik, niezależnie od tego, czy skrzynia jest wypełniona czy też nie. Może być napędzany przez zasilane tory i wagonik z piecem. Jeżeli tory, po których porusza się wagonik, nagle zakończą się, ten zjedzie z nich i stanie. Oznacza to, że bez względu na obecność skrzyni wagonik ten zachowuje się jednakowo jak zwykły wagonik.
Może być także ładowany i rozładowany za pomocą leja, lub podajnika należy jedynie umieścić lej pod lub nad torami (tory można położyć na leju podczas skradania ⇧ Shift), a w przypadku podajnika wystarczy go umieścić obok torów z czujnikiem. Umożliwia to tworzenie rozbudowanych stacji przeładunkowych.
Wagonik ze skrzynią, tak samo jak napędzany wagonik i standardowy wagonik, może uruchomić płytę naciskową bez utraty prędkości, jeżeli ta znajduje się w narożniku torów.
Wagonikowi ze skrzynią można nadać nazwę za pomocą kowadła. Po otworzeniu jego ekwipunku będzie widoczna wprowadzona nazwa.
Tekstura skrzyni w wagoniku zmienia się w okresie bożonarodzeniowym, tak jak w przypadku normalnej skrzyni.
Wagonik nie może zostać zniszczony przez smoka Endu.