W grze występują cztery poziomy trudności - Peaceful (pokojowy), Easy (łatwy), Normal (normalny), Hard (trudny). Każdy z nich charakteryzuje się innymi ustawieniami.

Pokojowy

W tym trybie trudności nie występują agresywne moby, jak zombie czy szkielety, a zdrowie gracza samoistnie się regeneruje. Jest to najłatwiejszy poziom gry.

Łatwy

Tutaj pojawiają się już moby agresywne - np. creepery, ghasty.

Normalny

Oprócz zwykłych mobów agresywnych pojawiają się także agresywne wilki.

Trudny

Najtrudniejszy ze wszystkich poziomów, z dużą ilością potworów.


Obecnie nie są znane działania trybów trudności na wilkach, pigmanach